Il sequenziamento rapido produce tassi diagnostici elevati di epilessia neonatale nel gene

NEW YORK – I primi risultati di uno studio genomico multinazionale sull’epilessia infantile hanno scoperto che il sequenziamento rapido dell’intero genoma (WGS) ha migliorato la resa diagnostica rispetto ai metodi più comuni, dando speranza a coloro che desiderano che il test dell’intero genoma diventi uno standard di cura per la diagnosi e lo sviluppo piani di trattamento delle malattie genetiche nei neonati.

Uno studio pubblicato questo mese su Lancet Neurology ha descritto il tempo di valutazione dell’accorciamento genetico nei servizi di epilessia pediatrica (Gene-STEPS), il progetto pilota e iniziale di punta dell’International Precision Child Health Partnership (IPCHiP). Il documento riportava i dati sulle prime 100 famiglie che partecipavano a Gene-STEPS, che rappresentavano l'iscrizione per i 12 mesi terminati il ​​31 agosto 2022.

Utilizzando il WGS rapido dei trii genitore-figlio, i medici sono stati in grado di diagnosticare l'epilessia infantile in 43 dei 100 bambini studiati, una resa vicina al 48% riscontrata in uno studio precedente con sequenziamento genomico non rapido e molto superiore a quella ottenuta da altri ricercatori con i microarray. pannelli genetici e sequenziamento dell'esoma.

"[Noi] dimostriamo l'immediata utilità clinica delle diagnosi genetiche per i neonati e le loro famiglie nella maggior parte dei casi", hanno scritto gli autori. "I nostri risultati forniscono supporto per promuovere l'uso di test genomici rapidi all'avanguardia per facilitare la diagnosi eziologica precoce che può informare la gestione mirata urgente in questa popolazione vulnerabile".

IPCHiP e, per estensione, Gene-STEPS, includono il Murdoch Children's Research Institute di Melbourne, in Australia, l'Hospital for Sick Children (SickKids) con sede a Toronto in Canada, il Great Ormond Street Institute of Child Health dell'University College di Londra nel Regno Unito e Boston Ospedale pediatrico negli Stati Uniti.

La coalizione IPCHiP si è formata nel 2019. "Da allora, abbiamo cercato di sfruttare le competenze e le risorse di cui disponiamo in questi quattro importanti ospedali pediatrici per cercare di far avanzare diversi aspetti delle cure di precisione pediatriche", ha spiegato Gregory Costain, esperto di genetica neuropsichiatrica specialista presso SickKids e coautore dell'articolo su Lancet Neurology.

Costain ha affermato che l'obiettivo è rendere il WGS rapido un "test di primo livello" per i bambini con epilessia inspiegabile. L'articolo suggerisce che Gene-STEPS potrebbe essere esportato verso altre malattie la cui causa non è chiara ma si ritiene sia genetica.

Tutti e quattro i siti hanno condotto il sequenziamento su strumenti Illumina a lettura breve, ma ciascuna istituzione ha potuto scegliere metodi e strumenti diversi per l'analisi secondaria e terziaria.

Con l’obiettivo di supportare finalmente il WGS rapido per i neonati in tutta la provincia dell’Ontario, SickKids ha creato nuovi protocolli e flussi di lavoro nel suo laboratorio di diagnostica clinica. Costain ha affermato che SickKids utilizza il software Dragen di Illumina per l'analisi secondaria, inclusa l'identificazione e l'allineamento delle varianti. Per l’analisi terziaria, l’ospedale si è rivolto all’applicazione di cura e interpretazione delle varianti basata sull’intelligenza artificiale Emedgene, un altro prodotto di proprietà di Illumina.

Boston Children's esternalizza il suo rapido WGS alla società GeneDx con sede a Stamford, nel Connecticut. Gli ospedali in Australia e nel Regno Unito stanno utilizzando infrastrutture genomiche nazionali e subnazionali per questo studio.

"In tutti i casi, stavamo portando avanti il ​​paradigma utilizzando finanziamenti per la ricerca per supportare il sequenziamento, perché in nessuno di questi quattro luoghi il sequenziamento rapido del genoma sarebbe stato considerato un test clinico di routine per tutti questi bambini affetti da epilessia", ha spiegato Costain.

C'è ancora molto da fare affinché il WGS rapido diventi una parte di routine dello screening neonatale e dell'assistenza pediatrica, ad esempio l'integrazione nei flussi di lavoro clinici e la formazione per i professionisti in prima linea.

"Come genetista medico, sono molto interessato all'idea di poter accedere a test genetici tempestivi e completi per i pazienti", ha affermato Costain, ma ciò richiederà la generazione di una base di prove che vada oltre il rendimento diagnostico.

"Penso che possiamo essere sostanzialmente d'accordo sul fatto che il sequenziamento del genoma consentirà di trovare più diagnosi di un approccio mirato", ha affermato. "La questione è se sia economicamente vantaggioso e se ci siano altre conseguenze a valle, in meglio o in peggio, di cui dobbiamo essere informati prima che venga integrato come compito sanitario".